Юні мутанти черепашки ніндзя 3

Ейпріл О'Ніл повертається до Нью Йорка з подарунками для Леонардо, Рафаеля, Донателло, Мікеланджело та Сплінтера. Серед придбаних речей виявляється старовинний японський скіпетр, здатний переносити людей крізь час. Коли Ейпріл бере скіпетр до рук, вона несподівано опиняється у феодальній Японії 1603 року. Одночасно звідти в сучасний Нью Йорк переноситься молодий воїн Кеншін, син могутнього даймьо Норінаги. Черепашки вирішують вирушити за Ейпріл. Леонардо, Рафаель, Донателло та Мікеланджело використовують скіпетр і переносяться в минуле, а на їхньому місці в сучасності з'являються четверо японських воїнів. У Японії друзі опиняються посеред війни між Норінагою та повстанцями. Ейпріл тим часом утримують у замку, де вона знайомиться з англійським торговцем зброєю Вокером, який постачає Норіназі рушниці та гармати. Черепашки приєднуються до повстанців і знайомляться з Міцу, яка бореться проти влади Норінаги. Рафаель особливо зближується з місцевими жителями та починає розуміти, що їхня боротьба стосується не лише порятунку Ейпріл. Вокер прагне продовжити війну, оскільки вона приносить йому прибуток. Він переконує Норінагу застосувати сучасну зброю проти повстанців і намагається знищити всіх, хто може перешкодити його планам. Черепашки визволяють Ейпріл і допомагають повстанцям протистояти військам Норінаги. Донателло намагається зрозуміти принцип роботи скіпетра, адже для повернення додому в них залишається дедалі менше часу. Під час вирішальної битви черепашки проникають до замку. Леонардо перемагає Норінагу, але залишає його живим, тоді як Вокер намагається втекти після провалу своїх планів. Вокер падає з високої стіни та гине. Кеншін вирішує залишитися у своєму часі й допомогти змінити майбутнє свого народу, а конфлікт між Норінагою та повстанцями завершується. Черепашки разом з Ейпріл встигають використати скіпетр і повертаються до Нью Йорка. Після подорожі на кілька століть у минуле вони знову опиняються вдома поруч зі Сплінтером.